Tras dirigir a la Sub 15 entre 2013 y 2015, el técnico clasificó a la selección juvenil a los Mundiales de India en 2017, y Brasil en 2019.
Hernán Caputto se integró a La Roja en 2013, como entrenador de la Selección Sub 15. Tras dicha experiencia, el ex portero pasó a dirigir la Sub 17, donde obtuvo sus mejores resultados.
Primero, participó del Sudamericano de Chile en 2017, donde alcanzó el subcampeonato y la clasificación al Mundial de India. En dicho torneo no superó la fase de grupos, pero el 2019 volvió a participar en una Copa del Mundo.
La Roja Sub 17 de Caputto volvió a conseguir el segundo lugar, esta vez en el Sudamericano de Perú, y clasificó al campeonato desarrollado en Brasil. .
En total, consiguió un 57,5% de rendimiento con la escuadra juvenil. Dos años más tarde, en junio del 2021, el técnico volvió a la Sub 17, donde hoy es el entrenador.
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