Además, el ex volante dirigió a Chile en la Copa América de Argentina 2011, alcanzando los cuartos de final.
Claudio Borghi fue presentado como director técnico de la Selección Chilena el 24 de febrero de 2011. Su estreno en el banco se produjo al mes siguiente en el amistoso ante Portugal en Leiria, que terminó en igualdad 1-1.
A mediados de año, comandó a La Roja en la Copa América de Argentina. En el torneo, la escuadra alcanzó los cuartos de final, sumando victorias ante México y Perú.
Posteriormente, Borghi dirigió al seleccionado durante toda la primera rueda de las Eliminatorias a Brasil 2014, donde acumuló cuatro triunfos.
A finales de 2012, un amistoso con Serbia (1-3) fue su última presentación con La Roja. En 27 partidos, sumó 11 victorias y cinco empates, registrando un 47% de rendimiento.