El futbolista participó de dos Sudamericanos Sub 20 con La Roja. Además, formó parte del plantel que obtuvo la China Cup con el seleccionado adulto.
Cristián Cuevas debutó en O’Higgins en 2011 con 16 años. Dos temporadas después, se unió a la convocatoria de La Roja, a cargo de Mario Salas, para el Sudamericano Sub 20 de 2013 en Argentina, donde sorprendió sumando minutos en ocho compromisos, anotando dos goles y colaborando en la clasificación al Mundial.
En Turquía, la Selección Chilena Sub 20 se instaló entre las ocho mejores del torneo con Cuevas presente en cuatro cotejos. Al año siguiente, representó al país como seleccionado Sub 21 en el Torneo Esperanzas de Toulón.
En 2015, el zurdo vivió su segunda experiencia en un Sudamericano Sub 20, registrando esta vez, dos goles y tres apariciones como titular.
Cuevas integró el plantel nacional que consiguió la China Cup en 2017. Aunque no sumó minutos, se mantuvo en la órbita de La Roja. Finalmente, su debut en cancha por la adulta se dio en 2018, en un amistoso ante Polonia (2-2).
