El volante representó a la escuadra nacional en Sudamericanos Sub 16 y Sub 17, y participó activamente en el tercer lugar conseguido en el Mundial Sub 20 de Canadá 2007.
Gerardo Cortés se integró a la Selección Chilena con tan sólo 15 años, cuando fue citado por Jorge Aravena para el Sudamericano Sub 16 disputado en Paraguay. Tras alcanzar los cuartos de final, el mediocampista formó parte de la Sub 17 comandada por el mismo técnico, pero ahora para competir en el Sudamericano de Venezuela, en 2005.
Dos años más tarde, fue convocado por José Sulantay a la Selección Sub 20 que participó en el Mundial de Canadá, donde Cortés tuvo una activa presencia. El formado en Deportes Concepción estuvo presente en cinco de siete encuentros, incluyendo la definición por el tercer puesto ante Austria, donde La Roja rescató un histórico podio.
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