Antes de representar a Chile en el torneo realizado en Egipto, el delantero fue parte del Sudamericano de Paraguay de ese año, donde alcanzaron el tercer lugar y la clasificación.
Juan Pablo Úbeda fue citado a la Selección Sub 17 en 1997, cuando Vladimir Bigorra estaba en el banco. El artillero participó del Sudamericano de Paraguay, donde Chile alcanzó el tercer lugar y la clasificación al Mundial.
Luego, fue nominado para la Copa del Mundo desarrollada en Egipto, y tras este torneo emigró a la Sampdoria de Italia.
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