Quien también fuera volante, representó a la Selección Chilena en el Sudamericano de la categoría, y luego en el Mundial de Japón.
Marco Muñoz jugaba en Colo Colo cuando, en 1992, fue nominado por Leonardo Véliz para integrar la Selección Sub 17. Al año siguiente, el zaguero –y volante defensivo– fue una pieza clave en el Sudamericano de Colombia, donde Chile fue subcampeón y consiguió la clasificación a la Copa del Mundo.
En el torneo desarrollado en Japón, Muñoz fue titular en los seis encuentros de la histórica campaña de La Roja, que conquistó el tercer lugar tras vencer a Polonia en penales.
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