Antes de representar a Chile en las competencias juveniles de ese año –también fue nominado al Mundial de Brasil–, el defensa compitió en el Sudamericano Sub 15 del 2017.
Patricio Flores se integró a la Selección Sub 15 en 2017, bajo la dirección de Cristián Leiva, para competir en el Sudamericano de la categoría, disputado en Argentina. Tras dicha experiencia, fue nominado por Hernán Caputto a la Sub 17, donde integró la escuadra nacional que participó del Sudamericano de Perú.
Flores fue titular en 7 de los 9 partidos que disputó Chile en aquel torneo, y le marcó a Venezuela en el triunfo por 3-0, en fase de grupos. La Roja terminó en el segundo lugar y clasificó al Mundial de Brasil, donde nuevamente fue citado el zaguero, pero esta vez sin participación activa en los encuentros.
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