Además, dirigió a la escuadra nacional en el inicio de las Eliminatorias a Qatar 2022.
Reinaldo Rueda llegó al banco de la Selección Chilena a principios de 2018, y debutó en un amistoso frente a Suecia (2-1) en Estocolmo, el 24 de marzo de ese año. Tras una extensa preparación, donde le dio cabida a nuevos jugadores, compitió en la Copa América de Brasil, en 2019. Empezó con buen pie, sumando dos victorias ante Japón (4-0) y Ecuador (2-1), y luego derrotó a Colombia (0-0) en cuartos de final. Sin embargo, no pudo replicar las campañas anteriores y Chile se quedó con el cuarto puesto, luego de caer ante Argentina (1-2).
Más adelante, dirigió en las Eliminatorias a Qatar 2022, donde le dio la oportunidad de debutar a quince jugadores, y consiguió un triunfo, un empate y dos derrotas. En total, con nueve victorias y ocho empates en 27 partidos, alcanzó un 43,2% de rendimiento.
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